Антигенные детерминанты белковой природы, как и белки вообще, состоят из аминокислотных остатков, расположенных в пространстве определенным образом. Те остатки, которые приходят в соприкосновение с остатками ком-плементарного антигенсвязывающего центра антитела, называются контакти-рующими. Чтобы взаимодействие имело место, эти остатки, конечно же, должны находиться на поверхности белка, а не быть запрятанными внутрь гидрофобного ядра. Ответственные за специфичность узнавания гипервариабельные участки антител занимают область (30—40 А) х (15 — 20 А) х 10 А (Д. Р. Дэвис, личное сообщение). Это означает, что составляющие антигенную детерминанту контактирующие остатки могут покрывать значительную часть поверхности белка. Аналогичный вывод был сделан на основе оценок размера антигенсвязывающего участка антитела, проведенных с помощью простых синтетических олигопептидов увеличивающейся длины, в частности олиголи-зина. Результаты, полученные в серии тонких экспериментов [86—88], дают основание думать, что длина цепи, способной разместиться в антигенсвязы-вающем центре, составляет 6—8 остатков. Это хорошо соответствует обсуждавшимся выше данным, полученным при изучении олигосахаридов [79, 80].
В энергию связывания вносят вклад несколько различных типов взаи-модействия. Многие расположенные на поверхности белкового антигена и об-ращенные в сторону растворителя аминокислотные остатки являются гидрофильными. Они могут ассоциировать с контактирующими остатками путем полярных взаимодействий. Например, несущая отрицательный заряд кар-боксильная группа глутаминовой кислоты будет притягиваться к противо-положно заряженной аминогруппе лизина, а боковая цепь амида глутаминовой кислоты будет образовывать водородные связи с аналогичными поляр-ными группами. В то же время важную роль могут играть и гидрофобные взаимодействия. Белки не способны существовать в водном растворе в виде стабильных мономеров, если у них на поверхности находится слишком много гидрофобных остатков. По этой же самой причине поверхностные гидрофобные остатки могут играть важную роль в связывании антитела с антигеном. При сближении гидрофобных остатков, входящих в состав антигенной детерминанты, имеющей белковую или углеводную [73] природу, с аналогичными остатками антигенсвязывающего центра, молекулы воды, до того окружавшие эти остатки, будут вытесняться. Это приведет к значительной стабилизации взаимодействия антиген—антитело.